Večina modernih Unix in Linux sistemov se drži določenega standarda za datotečno hierarhijo. Ta standard je opisan na tej strani.Namen standarda je, da imajo vsi sistemi predviden izgled in jih tako poenoti, kar omogoča lažje delo z različnimi sistemi. Pomaga tudi programom, ki lahko hitro brez iskanja najdejo podatke na datotečnem sistemu.
FHS je zgrajen tako, da se datotečni sistem začne pri korenskem imeniku, ki je označen s poševnivo (/) znotraj korenskega imenika pa so ostali definirani imeniki, npr. sbin/ ki vsebuje sistemske programe, etc/ ki vsebuje nastavitvene datoteke za programe ali usr/bin/, kjer so shranjene izvršilne datoteke nameščenih programov na sistemu. To se precej razlikuje od hierarhije, ki jo poznajo Windows sistemi, kjer je v imeniku Windows shranjen sistem, v imeniku Program Files pa so shranjeni nameščeni programi skupaj z nastavitvenimi in izvršilnimi datotekami.
FHS tudi prinaša predpis za t.i. uporabniške imenike, ki so locirani v imeniku /home/. Tako velja, da ima vsak uporabnik (razen korenskega root uporabnika, ki ima domači imenik /root/) lasten imenik v /home/ in ima tako pravico branja, pisanja kot izvrševanja. Zato običajnim uporabnikom ni potrebno posegat po drugih imenikih v sistemu razen v svoj domači imenik. In zato so tudi pravice do ostalih imenikov v korenskem imeniku /, ki jih ima običajen uporabnik, zelo omejene.
Z doktrino, ki jo prinaša FHS standard, pa se niso strinjali razvijalci Linux distribucije GoboLinux. Namesto FHS so zasnovali lasten hierarhičen sistem, ki je precej podoben tistemu pri Windows sistemih. Še vedno je korenski imenik, ki je označen z poševnico, vendar se nameščeni programi nahajajo v imeniku Programs/, uporabniški imeniki v Users/, itd.
Mnenja o tem, ali je takšna zasnova resnično koristna, so različna. Pri FHS standardu velja, da običajnega uporabnika nebi smelo zanimati kaj drugega kot pa lasten domači imenik. To prepreči nepremišljeno upravljanje sistema (brisanje sistemskih datotek, napačna konfiguracija, …). Ker je uporabnik s pravicami bolj ali manj omejen na lasten imenik, lahko to tudi prepreči okužbo sistema z virusi. Saj ti se nebi morali razširiti po celotnem sistem, ker bi virus, ki je bil pognan iz strani uporabnika, tudi podedoval njegove pravice. Zato je za virus nemogoče, da se razširi v imenike, ki so nižje od domačega imenika uporabnika. Po drugi strani pa FHS povzroča precejšnjo zmedo neizkušenim uporabnikom ali začetnikom. Uporabnik mora razlago nekaterih imenikov iskati po internetu. Vendar ima GoboLinux, ki se ne drži FHS standarda, še vedno omejene pravice za uporabnike. Kar pomeni da poleg dobre zaščite sistema pred nepooblaščeni spremembi ima sedaj uporabnik tudi prijaznešo (mogoče manj zastrašujočo) obliko datotečne hierarhije.